新莆京3969以最新的建筑科学成果为上海和全国城乡建设服务为使命，围绕社会重大需求开展共性关键技术研究，促进行业科技进步；围绕企业经营生产能力推动技术进步，赋能产业升级，不断完善科技创新体系，持续提高企业核心竞争力，努力成为行业科技政策的推动者、重大科技项目的承担者、重点关键标准的制订者、长大高深复杂大型工程项目的科技实践者，成为城市建设、管理和运行领域具有引领能力的重要科技支撑力量。
“十三五”期间，上海建科成功牵头3项国家“十三五”重点研发计划项目和19项课题，参与课题40余项，国拨科研经费6161万元，在地方院所和企业中名列前茅。集团研发投入 8.85 亿元，新开科研项目478项，合同金额1.9亿元，完成科研成果326项，获得部市级科技奖项72项，主持和参与国家、行业及地方标准253项，申请专利374项，获得授权221项，获得软件著作权授权204项。国家企业技术中心在2019年复审中被评价为“优秀”，位列全国第12名，在建筑行业所有参评企业中排名第一。
